En la última década la microbiota intestinal ha pasado de ser un tema de moda a convertirse en pieza clave de la medicina de precisión y de la nutrición personalizada. Hoy sabemos que un desequilibrio profundo (disbiosis) no es solo “tener el intestino mal”, sino un factor implicado en enfermedades inflamatorias intestinales, trastornos metabólicos, problemas neurológicos, enfermedad renal crónica y algunos cánceres.

Esto ha impulsado la búsqueda de marcadores microbianos que permitan adaptar la dieta, los probióticos y otros tratamientos al perfil de cada persona.​

Un ejemplo muy conocido es el trasplante de microbiota fecal, que en algunas enfermedades consigue mejorar síntomas restaurando una comunidad de bacterias más sana. 

A partir de experiencias así, la pregunta obvia es: si cambiar radicalmente la microbiota puede mejorar una enfermedad grave, ¿por qué no dar un paso atrás y utilizar la comida diaria para modular esos mismos microbios de forma más suave y sostenida?​

Qué es el “microbioma núcleo” y por qué importa

Hasta hace poco ni siquiera había consenso sobre qué significa exactamente tener una microbiota “sana”. Cada persona tiene una combinación única de microbios, influida por la genética, la edad, el lugar donde vive, su dieta o los fármacos que toma. En 2024, un estudio internacional publicado en la revista Cell propuso una nueva forma de definir un “microbioma núcleo” humano, es decir, el conjunto de microbios más importantes y resistentes que se mantienen conectados incluso cuando cambian la dieta o aparecen enfermedades.​

En ese trabajo se analizaron genomas bacterianos completos, reconstruidos directamente a partir de muestras fecales, en lugar de usar solo nombres de especies o géneros. Esto permite distinguir, por ejemplo, entre cepas de la misma especie que pueden tener efectos opuestos para la salud.

El modelo identifica dos grandes “gremios” o grupos de bacterias intestinales que funcionan como un balancín: el Foundation Guild (microbios beneficiosos) y el Pathobiont Guild (microbios potencialmente dañinos).

El “balancín” interno

El Foundation Guild agrupa bacterias que se alimentan sobre todo de fibra dietética y producen ácidos grasos de cadena corta como el butirato. Estos compuestos son una especie de moneda de cambio en el intestino: nutren a las células del colon, refuerzan la barrera intestinal, ayudan a reducir la inflamación y dificultan la expansión de bacterias más problemáticas. Cuando este grupo domina, el ecosistema intestinal tiende a ser más estable y protector.

El Pathobiont Guild, en cambio, está formado por bacterias que, en pequeñas cantidades, pueden ser útiles para “entrenar” al sistema inmune, pero que si toman el control contribuyen a la inflamación y al empeoramiento de enfermedades crónicas. 

El estudio describe la relación entre ambos grupos como una especie de balanza: cuanto más fuerte es el Foundation Guild, menos espacio ecológico queda para los patobiontes. Esta visión permite medir el estado del microbioma no solo por quién está presente, sino por cómo se relacionan estos dos bloques.

Cómo se conecta esto con la nutrición personalizada

La verdadera novedad del modelo de “dos gremios que compiten” es que no se queda en la teoría, sino que apunta hacia recomendaciones dietéticas muy concretas. Al estudiar los genes que permiten a las bacterias del Foundation Guild degradar fibras específicas, los autores plantean que se pueden diseñar dietas personalizadas que alimenten selectivamente a estos microbios protectores. 

Es decir, no se trata solo de “comer más fibra”, sino de elegir tipos de fibra y matrices alimentarias que coincidan con las capacidades de la microbiota de cada persona.

Imagina, por ejemplo, dos individuos con riesgo de enfermedad metabólica: uno podría responder mejor a un aumento de fibras de legumbres y cereales integrales, mientras que otro necesitaría un refuerzo de almidón resistente procedente de tubérculos o plátano poco maduro. 

Si se conoce la composición de su Foundation Guild y los genes de degradación de fibra que predominan, es posible afinar qué tipo de carbohidratos complejos serán más eficaces en cada caso. Esta es la base de la nutrición de precisión aplicada a la microbiota: menos dieta “universal”, más planes alimentarios ajustados al ecosistema intestinal de cada persona.​

De la teoría al plato: qué tipo de dieta favorece el “gremio protector”

Mientras llega esa personalización fina, la evidencia de los últimos años ya dibuja un patrón de alimentación que favorece al Foundation Guild en la mayoría de personas. Las características comunes son:​

• Alta densidad de fibra y carbohidratos complejos de origen vegetal (verduras, frutas enteras, legumbres, cereales integrales, frutos secos).​
• Presencia habitual de alimentos fermentados que aportan microbios vivos y compuestos bioactivos (kimchi, chucrut, yogur, kéfir, miso, kombucha).​
• Matrices alimentarias poco procesadas, donde la fibra va acompañada de su “paquete completo” de fitoquímicos, minerales y estructuras físicas intactas.​
• Reducción significativa de ultraprocesados ricos en azúcares añadidos, grasas refinadas, aditivos y emulsificantes, que se han relacionado con más inflamación y disbiosis.​

Este patrón se superpone bastante con lo que defienden muchas corrientes de alimentación ecológica: protagonismo de productos vegetales frescos, de temporada y mínimamente procesados, y uso moderado de alimentos animales de buena calidad. Para un proyecto como Espacio Orgánico, esto facilita aterrizar el discurso: lo que la ciencia empieza a perfilar como “dieta pro‑Foundation Guild” se parece mucho a una cesta de la compra basada en ecológico, fibra y baja carga de ultraprocesados.​

Aplicaciones clínicas: más allá de “comer sano”

La redefinición de la microbiota esencial no es solo útil para personas sanas que quieren “cuidarse”. El equipo responsable del modelo planea ensayos clínicos donde se utilicen dietas ajustadas a los genes de degradación de fibra del Foundation Guild para tratar casos graves de disbiosis en enfermedades como la enfermedad inflamatoria intestinal, la obesidad o la esteatosis hepática metabólica.

El objetivo es restaurar la dominancia del gremio protector y, con ello, mejorar parámetros inflamatorios y metabólicos.​

Además, el propio campo de la microbiota se está extendiendo a otros ejes del cuerpo, como el intestino‑hígado, intestino‑cerebro o intestino‑vejiga. Esto abre la puerta a que, en un futuro, las recomendaciones dietéticas personalizadas basadas en microbiota se utilicen también en trastornos del ánimo, síndrome del intestino irritable, infecciones urinarias recurrentes o enfermedades hepáticas. 

Aunque muchas de estas aplicaciones aún están en fase investigadora, el enfoque de “nutrición guiada por microbiota” va ganando peso en congresos y documentos de consenso.​

Qué puede esperar el consumidor en los próximos años

Para el consumidor medio, todo esto se traducirá gradualmente en varias tendencias:

• Más test de microbiota con informes que no solo describen bacterias, sino que empiezan a hablar en términos de “gremios”, patrones de fermentación de fibra y riesgo de disbiosis.​
• Aparición de planes nutricionales donde la elección de alimentos y suplementación con prebióticos o probióticos se base en estos perfiles, y no solo en calorías o macros.​
• Desarrollo de “alimentos de nueva generación” formulados para alimentar rutas metabólicas concretas de la microbiota (por ejemplo, mezclas de fibras específicas orientadas al Foundation Guild).​

Es importante transmitir que la personalización no sustituye a las bases de una alimentación saludable, sino que las refina. No habrá una dieta ideal completamente ajena a los principios básicos (más vegetales, menos ultraprocesados), pero sí podremos ajustar el foco hacia los alimentos que mejor encajan con el microbioma de cada persona.

La nutrición del futuro no se diseñará solo para ti, sino también para tus bacterias.​